為了穩定供應澎湖馬公地區的用水，同時達成減抽地下水避免地下水鹽化，台水公司投資13.3億元於馬公市烏崁里興建海水淡化廠，預定明(106)年12月興建完成，完工後每日將可供水4,000噸。

台水公司於去年11月投資13.3億元於澎湖馬公市烏崁里興建海水淡化廠，場址占地約4.9萬平方公尺。為避免興建過程對環境產生衝擊，台水公司於民國100至102年先執行環境監測作業後選定場址，埋管路線選擇避開當地珊瑚礁地形，並限定使用免開挖工法施作，以影響海域生態最小之方式建廠；此外，在確保供水穩定方面，為避免廠商因過於短暫之代操作年限而未能提升施工品質，海淡廠的設計也採取15年代操作之方式辦理發包，確保日後供水穩定。

台水公司指出，目前馬公地區營運中的海水淡化廠每日供水量為13,000噸，新廠完成後每日增加4,000噸供水，共計每日17,000噸的供水，約佔當地用水需求的68%。

依澎湖新建海水淡化廠建廠及操作營運費用換算，每公噸的造水成本約為60.6元，遠比現在水價每公噸10元高出許多，但台水公司表示，為貫徹穩定民生用水的企業社會責任，台水公司責無旁貸。此外，海淡廠完成後配合國家政策每日減抽2,000噸地下水，還可多提供馬公地區每日2,000噸用水，對於地下水之復育及民生用水之成長多所助益。

除了興建海水淡化廠的開源措施外，在節流部分，台水公司也積極投入地下水之復育，並承諾當地漏水率於10年內降低7.5%，15年內降低10%。台水公司於100年至104年，已完成澎湖地區42個分區計量管網規劃及建置，並辦理11件汰換舊漏管線(長度50.146公里)、修漏3,846件，而後續第二期6,000 CMD海淡廠計畫，也由經濟部水利署評估需求中。