不過治水工作需龐大的經費，地方政府的財力有限，臺南市政府在辦理三爺溪排水、下營排水整治及萬代橋改建等工作，經費有短絀之情形，尚需中央給予支援補助。

賴建信表示，105 年起至 109 年在臺南市投入治水預算總計約182.28 億元，市政府目前短缺的治水經費，將爭取經費予以協助，現階段中央於臺南市重點治水工作在於三爺溪排水、曾文溪排水整治及十二佃分洪工程，目前均已分段辦理發包施工中，等工程完成後，將有效解決永康、仁德、安南等地區水患問題，而工程用地涉及的都市計畫變更及用地取得等工作，則需臺南市政府的協助，才能使工程順利進行，另外相關的萬代橋、十號橋等橋梁也需市政府配合一併改建，使整治工作畢其功於一役。

賴建信說，在防汛整備工作方面，所屬的第六河川局將加強各項防災整備作業，而台南市內各河川及區域排水之內、外水防汛熱點區域，已與市府密切掌握，並也建立暢通聯繫管道，相互提供防災資源。第六河川局今年度並備有15台大型移動抽水，可機動支援。